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重离子辐射诱发水稻生物学剂量效应机制研究

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重离子辐射诱发水稻生物学剂量效应机制研究
论文目录
 
摘要第1-10页
ABSTRACT第10-16页
第1章 绪论第16-35页
  1.1 空间辐射环境简介第16-17页
  1.2 低剂量辐射的生物学效应特点第17-20页
  1.3 植物DNA甲基化调控生长发育的机制第20-26页
    1.3.1 植物DNA甲基化简介第21-22页
    1.3.2 辐射胁迫对生物DNA甲基化的影响第22-24页
    1.3.3 生物DNA甲基化与基因表达的关联第24-26页
  1.4 植物转录因子参与抗逆调控的作用机制第26-28页
  1.5 植物转座子参与辐射诱导的基因组不稳定性研究第28-30页
  1.6 重离子辐射诱导生物学剂量效应机制研究的目的和意义第30-31页
  1.7 本课题研究的主要内容第31-33页
  1.8 本课题的研究路线第33-35页
第2章 材料与方法第35-59页
  2.1 实验材料第35-37页
    2.1.1 重离子辐射处理水稻材料第35页
    2.1.2 水稻材料的种植培养第35-37页
  2.2 主要仪器设备及试剂第37-41页
    2.2.1 仪器设备第37-38页
    2.2.2 酶及试剂第38页
    2.2.3 溶液与培养基第38-41页
  2.3 实验方法第41-59页
    2.3.1 表型数据及农艺学性状的获取第41页
    2.3.2 MSAP技术检测基因组CCGG位点甲基化第41-44页
    2.3.3 差异条带的回收与纯化第44-45页
    2.3.4 克隆测序第45-46页
    2.3.5 蛋白质双向电泳实验第46-49页
    2.3.6 水稻全基因组甲基化重亚硫酸盐测序第49-51页
    2.3.7 水稻转录组测序第51-52页
    2.3.8 实时定量荧光PCR检验第52-54页
    2.3.9 液质联用技术分析水稻蛋白质组第54-56页
    2.3.10 生物信息学分析第56-57页
    2.3.11 质控结果第57-59页
第3章 不同剂量重离子辐射诱发分蘖期水稻DNA甲基化及功能分子的变化…第59-84页
  3.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻表型及蛋白质的变化第59-63页
    3.1.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻株高表型的变化第59-62页
    3.1.2 不同剂量重离子辐射诱发水稻成熟期农艺学性状的变化第62-63页
  3.2 不同剂量重离子辐射诱发水稻蛋白质的变化第63-71页
    3.2.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻蛋白质表达模式的变化第65页
    3.2.2 不同剂量重离子辐射诱导水稻的差异表达蛋白及其功能分析第65-71页
  3.3 不同剂量重离子辐射诱发水稻基因组甲基化的变化第71-78页
    3.3.1 不同剂量重离子辐射诱发水稻基因组甲基化的变化第71-76页
    3.3.2 不同剂量重离子辐射引起水稻甲基化多态性条带测序信息第76-78页
  3.4 讨论第78-82页
  3.5 小结第82-84页
第4章 高低剂量重离子辐射诱发三叶期水稻的功能分子变化第84-108页
  4.1 高低剂量重离子辐射对水稻蛋白质组的影响第85-91页
    4.1.1 水稻总蛋白质的提取第85-86页
    4.1.2 高低剂量重离子辐射后水稻蛋白质的功能分析第86-87页
    4.1.3 高低剂量重离子辐射后水稻蛋白质组主成分分析第87-88页
    4.1.4 高低剂量重离子辐射诱发水稻差异表达蛋白质的数目第88页
    4.1.5 高低剂量重离子辐射诱发水稻差异蛋白质的功能分析第88-91页
  4.2 高低剂量重离子辐射对三叶期水稻基因表达的影响第91-104页
    4.2.1 三叶期水稻RNA样品的提取与质量检测第91-92页
    4.2.2 测序cDNA文库构建及测序原始数据质量评估第92-93页
    4.2.3 测序数据与水稻参考基因组的比对分析第93-94页
    4.2.4 高低剂量重离子辐射诱发水稻基因表达差异的分析第94页
    4.2.5 高低剂量重离子辐射诱发水稻差异基因的功能分析第94-97页
    4.2.6 高低剂量重离子辐射诱发水稻代谢通路的变化第97-99页
    4.2.7 高低剂量重离子辐射诱发水稻代谢途径及功能的变化第99-101页
    4.2.8 高低剂量重离子辐射诱发水稻胁迫应答基因差异的变化第101-102页
    4.2.9 高低剂量重离子辐射诱发水稻转录因子的变化第102-104页
  4.3 讨论第104-106页
    4.3.1 高低剂量重离子辐射对水稻蛋白质的影响第104页
    4.3.2 高低剂量重离子辐射对水稻基因表达的影响第104-106页
  4.4 小结第106-108页
第5章 高低剂量重离子辐射对三叶期水稻DNA甲基化的影响第108-118页
  5.1 高通量测序后的数据统计和覆盖率分析第108-109页
  5.2 高通量测序后的全基因组甲基化胞嘧啶特征第109-111页
  5.3 高通量测序后的基因组区域的甲基化分布第111-112页
  5.4 高通量测序后的基因组各转录元件的DNA甲基化水平第112-113页
  5.5 高低剂量重离子辐射诱发水稻基因组甲基化区域的差异第113-115页
  5.6 讨论第115-117页
    5.6.1 高低剂量重离子辐射对水稻DNA甲基化的影响第115-116页
    5.6.2 高低剂量重离子辐射对不同发育阶段水稻DNA甲基化的影响第116-117页
  5.7 小结第117-118页
第6章 高低剂量重离子辐射引起水稻DNA甲基化改变及其对转录调控的影响第118-135页
  6.1 高低剂量重离子辐射影响水稻甲基化及基因表达变化的关联分析第118-119页
  6.2 辐射诱发水稻转座子甲基化变化对邻近基因表达的影响第119-122页
  6.3 辐射诱发水稻转录因子基因甲基化变化对靶基因表达的影响第122-125页
  6.4 辐射后水稻甲基化相关基因表达对基因组甲基化的影响第125-127页
  6.5 讨论第127-134页
    6.5.1 高低剂量辐射引起水稻DNA甲基化改变及对转录的影响第127-128页
    6.5.2 编码转座子及转录因子DNA甲基化参与基因转录表达第128页
    6.5.3 辐射诱导水稻甲基化相关基因表达改变对基因组甲基化的影响第128-129页
    6.5.4 高低剂量重离子辐射诱发不同发育阶段的水稻生物学效应变化第129-131页
    6.5.5 高低剂量诱发基因组甲基化变化参与调控辐射剂量效应的机制第131-134页
  6.6 小结第134-135页
结论第135-138页
展望第138-139页
参考文献第139-151页
附录第151-163页
攻读学位期间公开发表论文第163-164页
致谢第164-166页
作者简介第166页

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